Innanför nationalparkens gränser finns ca 200 fjäll över 1 800 m ö h och sex av landets 13 fjäll över 2 000 m ö h. I området finns också ca 100 glaciärer. Verkligt alpina fjällmassiv är Sarektjåhkkå, Ähpár, Bielloriehppe (Piellorieppe) och Bårdde (Pårte), alla med spetsiga toppar, lodräta fjällstup och smala klippkammar. Inga andra fjällmassiv i landet är så vackert skulpturerade av glaciärer som dessa. Nivåskillnaden mellan toppar och dalar i parken är bitvis också extrem för svenska förhållanden. I vissa dalar uppgår den till 1 300 meter.

Sarek består även av högfjällsslätter, t.ex. den arktiskt ödsliga Luohttoláhko på ca 1 200 m ö h och Ijvvárláhko (Ivarlako) kring 900-1000 m ö h.

I nationalparkens västra delar längs gränsen till Padjelanta nationalpark övergår högfjällen i lågfjäll. Till följd av topografin är vattendragens lopp ofta branta och på några platser, t.ex. vid mellersta delarna av Sarvesjåhkkå och Smájllájåkkå, har vattnet eroderat sevärda kanjonbildningar i klippan.

Ráhpavágge (Rapadalen) är Sareks pulsåder. Den sträcker sig från nationalparkens centrala del till dess gräns i sydost. Genom dalen rinner Ráhpaädno (Rapaätno), Sveriges i förhållande till nederbördsområdet vattenrikaste älv. Ráhpaädno för med sig enorma slammängder från ett trettiotal glaciärer. Slammet avsätts i Rapaselet, som är ett igenfyllt sjöbäcken och i Rapadeltat, som dock till största delen ligger utanför nationalparken. I dessa deltaländer grenar sig vattnet i ett komplex av älvfåror och laguner. Rapadeltat är Sveriges snabbast tillväxande deltaområde.

Längs i stort sett hela Rapadalen växer fjällbjörkskog. Bitvis är den mycket tät med högväxta örter och gräs som nästan ger ett tropiskt intryck. På stora ytor avlöses skogen av manshöga, svårforcerade videsnår.

Fjällbjörkskogen breder även ut sig på Boarekslätten (Pårek-) och i nedre Njoatjosvágge (Njåtsosvágge). I Rittakvágge (Rittakdalen) finns dessutom barrurskog. Större delen av nationalparken utgör emellertid av kalfjäll. Det karakteriseras i hög grad av skarpa kontraster, även de högre belägna fjälldalarna är förvånansvärt välväxta med gröna ängsmarker som avviker effektfullt från snön och klippan i fjällmassiven. Trots vegetationen således är välutbildad finns det jämförelsevis få sällsynta fjällväxter i nationalparken. Det beror bl.a. på att kalkhaltiga, lättvittrade bergarter har liten utbredning.