Myrmarkerna domineras helt av flarkmyrar av för övre Norrland typiskt slag. Även palsmyrar förekommer. Palsar är kullar eller flak av torv med en iskärna, som bildas vid permanent tjäle. Vidare finns terrängformer som israndrännesystem, isälvsavlagringar och tundrapolygoner.

Sjaunjas myrvidder, urskogar, lågfjäll och otaliga sjöar bildar ett sammanhängande vildmarksartat område av en omfattning som knappast kan uppfattas av en vandrare. Även från högre utsiktspunkter kan bara mindre delar överblickas. Det obrutna landskapets storlek, fem gånger större än Muddus, ger det en särskild atmosfär av ursprunglighet och orört land.

Sjaunja är upptaget på CW-listan (Convention on Wetlands) över internationellt betydelsefulla våtmarker.

Området har sedan länge utnyttjats som renbetesland men är frånsett jakt och fiske för övrigt förhållandevis fritt från mänskligt inflytande. I östra delen finns enskild mark med viss bebyggelse.